بعد از تقسيم استان خراسان بزرگ به سه استان و تاسيس استان خراسان شمالي ، سرپرستی دانشكده پرستاری و مامایی و بهداشت و درمان استان در مورخه 21/1/84 با ابلاغ مقام محترم وزارت وقت به جناب آقای دکتر « محمدعلی سلطانی » سپرده شد .
پس از آن در مورخه 28/6/84 موافقت قطعی وزارت متبوع با تاسیس دانشکده علوم پزشکی استان اعلام گردید و دكتر «جواد شاهين فر» به سرپرستی دانشکده منصوب گردید .
در سال 87 موافقت قطعی تاسیس آموزشکده بهداشت و موافقت اصولی تاسیس دانشکده پزشکی استان اعلام شد، با آموزشی شدن بیمارستان های امام علی (ع) و امام رضا (ع) بجنورد موافقت گردید و سرانجام موافقت قطعی ارتقای دانشکده علوم پزشکی به دانشگاه نیز در همین سال اعلام شد و در مورخه 21/2/1387 با تصويب شوراي گسترش دانشگاه هاي علوم پزشكي كشور، دانشكده استان به دانشگاه علوم پزشكي و خدمات بهداشتي درماني خراسان شمالي تغيير عنوان يافت و پس از آن ابلاغ جناب آقای دکتر « محمدرضا مجدی » به عنوان سرپرست دانشگاه در سال 88 و به عنوان رئیس دانشگاه و قائم مقام وزیر محترم در استان در فروردین سال 90 صادر شد.
رشته هاي دانشكده پرستاری و مامایی و بهداشت و درمان استان در سال 84 تنها کارشناسی پرستاری و کاردانی مامایی بود و با تحولات سريع صورت گرفته و ارتقای دانشگاه رشته ها ابتدا به 8 رشته( مامايي، پرستاري، بهداشت عمومي، مبارزه با بيماري ها، اتاق عمل ، بيهوشي ، بهداشت خانواده و پزشكي ) افزايش یافت و هم اکنون دانشگاه با 16 رشته تحصیلی و 6 مقطع (پرستاری –مامایی – هوشبری – اتاق عمل- کاردانی فوریت های پزشکی (بجنورد ) – کارشناسی ناپیوسته فوریت های پزشکی–پزشکی – علوم آزمایشگاهی – دندانپزشکی – پرستاری سالمندان (ارشد)- زیست فناوری پزشکی (ارشد)، آموزش بهداشت (ارشد با همکاری دانشگاه علوم پزشکی سبزوار)-کارشناسی بهداشت محیط (پیوسته و ناپیوسته) – کارشناسی بهداشت عمومی (پیوسته و ناپیوسته) – بهداشت حرفه ای (پیوسته و ناپیوسته) – فوریت های پزشکی و پرستاری (شیروان ) - فوریت های پزشکی (مانه و سملقان )و mph (پزشک خانواده) در دانشکده های پزشکی، دندانپزشکی، بهداشت، پرستاری و مامایی بجنورد و مجتمع آموز عالی سلامت شیروان و مرکز فوریت های پزشکی مانه و سملقان فعال می باشد.
اکنون تعداد اعضای هیات علمی دانشگاه 208نفر و اساتید مدعو 175 نفر و تعداد دانشجویان 2138نفر و با احتساب دانشکده اسفراین تعداد دانشجویان ۱۷۲۱ نفر می باشد .
این دانشگاه با 7 معاونت درمان ، بهداشت ، غذا و دارو ، آموزش ، تحقیقات و فناوری، دانشجویی و فرهنگی و توسعه مدیریت و منابع ، 6 شبکه بهداشتی و درمانی در شهرستان های شیروان ، فاروج ، مانه و سملقان ، راز و جرگلان ،گرمه و جاجرم و مرکز بهداشت بجنورد ، 9 بیمارستان و یک مرکز درمان بستر در شهرستان راز و جرگلان ؛ جمعيت استان خراسان شمالی را تحت پوشش خدمات بهداشتي و درماني قرار داده است .
شایان ذکر است هيات امناء دانشگاه در سال هاي 1384و 1385 مشترك با سبزوار و گناباد و از ابتداي سال 86 به طور مستقل تشکیل شد و آرم این دانشگاه که نماد مذهبي ، فرهنگي ، باستاني و تاريخ پزشكي را مورد توجه قرار داده است ، از سال 1384 به تصويب مراجع ذيربط رسيده و مورد استفاده قرار مي گيرد.
هم چنین شبکه بهداشت و درمان اسفراین در مورخه 11/5/93 به دانشکده علوم پزشکی ارتقاء یافت و از دانشگاه علوم پزشکی خراسان شمالی تفکیک و مستقل گردید .
طی سال های 92 تا 96 جناب آقاي دكتر «ابراهیم گلمکانی» در سمت ریاست دانشگاه علوم پزشكي خراسان شمالي قرار داشتند ، از شهریور ماه 96 نیز جناب آقای دکتر « علی حق بین » مسئولیت ریاست دانشگاه را تا خرداد ماه 98 بر عهده داشتند و از22 خرداد 98آقای دکتر «سید احمد هاشمی » تا 8 آبان 1400 ریاست دانشگاه را بر عهده داشتند واز 8 آبان 1400 آقای دکتر سید جواد پور نقی ریاست دانشگاه را بر عهده داشتند ودر مورخه 26 بهمن 1401 دکتر جواد شاهین فر سرپرستی دانشگاه را بر عهده گرفتند.