بعد از تقسيم استان خراسان بزرگ به سه استان و تاسيس استان خراسان شمالي ، سرپرستی دانشكده پرستاری و مامایی و بهداشت و درمان استان در مورخه 1384/1/21 با ابلاغ مقام محترم وزارت وقت به دکتر «محمدعلی سلطانی» سپرده شد . 
پس از آن در مورخه 1384/6/28 موافقت قطعی وزارت متبوع با تاسیس دانشکده علوم پزشکی استان اعلام و دكتر «جواد شاهين فر» به سرپرستی دانشکده منصوب گردید. 
در سال 87 موافقت قطعی تاسیس آموزشکده بهداشت و موافقت اصولی تاسیس دانشکده پزشکی استان اعلام شد، با آموزشی شدن بیمارستان های امام علی (ع) و امام رضا (ع) بجنورد موافقت گردید و سرانجام موافقت قطعی ارتقای دانشکده علوم پزشکی به دانشگاه نیز در همین سال اعلام شد. 
 در مورخه 1387/2/21 با تصويب شوراي گسترش دانشگاه هاي علوم پزشكي كشور، دانشكده استان به دانشگاه علوم پزشكي و خدمات بهداشتي درماني خراسان شمالي تغيير عنوان يافت و همچنان دکتر «جواد شاهین‌فر» به عنوان نخستین رئیس دانشگاه علوم پزشکی خراسان شمالی سکان مدیریت این مجموعه نوپا را بر عهده‌ داشت. پس از آن ابلاغ دکتر «محمدرضا مجدی» به عنوان سرپرست دانشگاه در سال 88 و به عنوان رئیس دانشگاه در فروردین سال 90 صادر شد. 
رشته هاي دانشكده پرستاری و مامایی و بهداشت و درمان استان در سال 84 تنها کارشناسی پرستاری و کاردانی مامایی بود و با تحولات سريع صورت گرفته و ارتقای دانشگاه رشته ها ابتدا به 8 رشته( مامايي، پرستاري، بهداشت عمومي، مبارزه با بيماري ها، اتاق عمل ، بيهوشي ، بهداشت خانواده و پزشكي ) افزايش یافت و هم اکنون 2162 دانشجوی دانشگاه علوم پزشکی خراسان شمالی در 21 رشته تحصيلي در 5 مقطع كارداني(فوريت پزشكي(شيروان و مانه سملقان))-كارشناسي( مامايي، علوم تغذيه، بهداشت حرفه اي و اي و ايمني كار، بهداشت محيط، بهداشت عمومي(پيوسته و ناپيوسته)، فوريت پزشكي و پيش بيمارستاني(پيوسته و ناپيوسته)، اتاق عمل، هوشبري، علوم آزمايشگاهي، پرستاري(بجنورد و شيروان)، پرتوشناسي)-  كارشناسي ارشد ناپيوسته(زيست فناوري پزشكي، نانوفناوري پزشكي، آموزش بهداشت و ارتقاي سلامت، پرستاري مراقبت‌هاي ويژه، پرستاري سالمندي) -دكتراي  عمومي: (پزشكي، دندانپزشكي) و دستياري تخصصي(بيماري‌هاي داخلي، جراحي عمومي، كودكان) تحصيل مي‌كنند. 
همچنین تعداد اعضاي هيات علمي و اساتید مدعو دانشگاه بیش از 400 نفر است. 
این دانشگاه با 7 معاونت درمان ، بهداشت ، غذا و دارو ، آموزش ، تحقیقات و فناوری، دانشجویی و فرهنگی و توسعه مدیریت و منابع ، 7 شبکه بهداشتی و درمانی در شهرستان های شیروان ، فاروج ، مانه، سملقان ، راز و جرگلان ،گرمه و جاجرم و یک مرکز بهداشت بجنورد و 9 بیمارستان؛ جمعيت استان خراسان شمالی را تحت پوشش خدمات بهداشتي و درماني قرار داده است. 
شایان ذکر است هيات امناء دانشگاه در سال هاي 1384و 1385 مشترك با سبزوار و گناباد و از ابتداي سال 86 به طور مستقل تشکیل شد و آرم این دانشگاه که نماد مذهبي ، فرهنگي ، باستاني و تاريخ پزشكي را مورد توجه قرار داده است ، از سال 1384 به تصويب مراجع ذيربط رسيده و مورد استفاده قرار مي گيرد. 
هم چنین شبکه بهداشت و درمان اسفراین در مورخه 1393/5/11 به دانشکده علوم پزشکی ارتقاء یافت و از دانشگاه علوم پزشکی خراسان شمالی تفکیک و مستقل گردید. 
طی سال های 92 تا 96 جناب آقاي دكتر «ابراهیم گلمکانی» در سمت ریاست دانشگاه علوم پزشكي خراسان شمالي قرار داشتند ، از شهریور ماه 96 نیز دکتر «علی حق بین» مسئولیت ریاست دانشگاه را تا خرداد ماه 98 بر عهده داشت و از22 خرداد 98 دکتر «سید احمد هاشمی» تا 8 آبان 1400 ریاست دانشگاه را بر عهده داشت و از 8 آبان 1400 دکتر «سید جواد پور نقی» ریاست دانشگاه را بر عهده داشت تا اینکه در مورخه 26 بهمن 1401 با حکم وزیر بهداشت، دکتر «جواد شاهین‌فر» مجددا سکان ریاست دانشگاه را بر عهده گرفت.