بعد از تقسیم استان خراسان بزرگ به سه استان و تاسیس استان خراسان شمالی ، سرپرستی دانشکده پرستاری و مامایی و بهداشت و درمان استان در مورخه 1384/1/21 با ابلاغ مقام محترم وزارت وقت به دکتر «محمدعلی سلطانی» سپرده شد . 
پس از آن در مورخه 1384/6/28 موافقت قطعی وزارت متبوع با تاسیس دانشکده علوم پزشکی استان اعلام و دکتر «جواد شاهین فر» به سرپرستی دانشکده منصوب گردید. 
در سال 87 موافقت قطعی تاسیس آموزشکده بهداشت و موافقت اصولی تاسیس دانشکده پزشکی استان اعلام شد، با آموزشی شدن بیمارستان های امام علی (ع) و امام رضا (ع) بجنورد موافقت گردید و سرانجام موافقت قطعی ارتقای دانشکده علوم پزشکی به دانشگاه نیز در همین سال اعلام شد. 
 در مورخه 1387/2/21 با تصویب شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی کشور، دانشکده استان به دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی خراسان شمالی تغییر عنوان یافت و همچنان دکتر «جواد شاهین‌فر» به عنوان نخستین رئیس دانشگاه علوم پزشکی خراسان شمالی سکان مدیریت این مجموعه نوپا را بر عهده‌ داشت. پس از آن ابلاغ دکتر «محمدرضا مجدی» به عنوان سرپرست دانشگاه در سال 88 و به عنوان رئیس دانشگاه در فروردین سال 90 صادر شد. 
رشته های دانشکده پرستاری و مامایی و بهداشت و درمان استان در سال 84 تنها کارشناسی پرستاری و کاردانی مامایی بود و با تحولات سریع صورت گرفته و ارتقای دانشگاه رشته ها ابتدا به 8 رشته( مامایی، پرستاری، بهداشت عمومی، مبارزه با بیماری ها، اتاق عمل ، بیهوشی ، بهداشت خانواده و پزشکی ) افزایش یافت و هم اکنون 2162 دانشجوی دانشگاه علوم پزشکی خراسان شمالی در 21 رشته تحصیلی در 5 مقطع کاردانی(فوریت پزشکی(شیروان و مانه سملقان))-کارشناسی( مامایی، علوم تغذیه، بهداشت حرفه ای و ای و ایمنی کار، بهداشت محیط، بهداشت عمومی(پیوسته و ناپیوسته)، فوریت پزشکی و پیش بیمارستانی(پیوسته و ناپیوسته)، اتاق عمل، هوشبری، علوم آزمایشگاهی، پرستاری(بجنورد و شیروان)، پرتوشناسی)-  کارشناسی ارشد ناپیوسته(زیست فناوری پزشکی، نانوفناوری پزشکی، آموزش بهداشت و ارتقای سلامت، پرستاری مراقبت‌های ویژه، پرستاری سالمندی) -دکترای  عمومی: (پزشکی، دندانپزشکی) و دستیاری تخصصی(بیماری‌های داخلی، جراحی عمومی، کودکان) تحصیل می‌کنند. 
همچنین تعداد اعضای هیات علمی و اساتید مدعو دانشگاه بیش از 400 نفر است. 
این دانشگاه با 7 معاونت درمان ، بهداشت ، غذا و دارو ، آموزش ، تحقیقات و فناوری، دانشجویی و فرهنگی و توسعه مدیریت و منابع ، 7 شبکه بهداشتی و درمانی در شهرستان های شیروان ، فاروج ، مانه، سملقان ، راز و جرگلان ،گرمه و جاجرم و یک مرکز بهداشت بجنورد و 9 بیمارستان؛ جمعیت استان خراسان شمالی را تحت پوشش خدمات بهداشتی و درمانی قرار داده است. 
شایان ذکر است هیات امناء دانشگاه در سال های 1384و 1385 مشترک با سبزوار و گناباد و از ابتدای سال 86 به طور مستقل تشکیل شد و آرم این دانشگاه که نماد مذهبی ، فرهنگی ، باستانی و تاریخ پزشکی را مورد توجه قرار داده است ، از سال 1384 به تصویب مراجع ذیربط رسیده و مورد استفاده قرار می گیرد. 
هم چنین شبکه بهداشت و درمان اسفراین در مورخه 1393/5/11 به دانشکده علوم پزشکی ارتقاء یافت و از دانشگاه علوم پزشکی خراسان شمالی تفکیک و مستقل گردید. 
طی سال های 92 تا 96 جناب آقای دکتر «ابراهیم گلمکانی» در سمت ریاست دانشگاه علوم پزشکی خراسان شمالی قرار داشتند ، از شهریور ماه 96 نیز دکتر «علی حق بین» مسئولیت ریاست دانشگاه را تا خرداد ماه 98 بر عهده داشت و از22 خرداد 98 دکتر «سید احمد هاشمی» تا 8 آبان 1400 ریاست دانشگاه را بر عهده داشت و از 8 آبان 1400 دکتر «سید جواد پور نقی» ریاست دانشگاه را بر عهده داشت تا اینکه در مورخه 26 بهمن 1401 با حکم وزیر بهداشت، دکتر «جواد شاهین‌فر» مجددا سکان ریاست دانشگاه را بر عهده گرفت.